Projekt nowelizacji ustawy o VAT może działać na niekorzyść przedsiębiorców - zarówno tych prowadzących jednoosobową działalność, jak i największych podmiotów. Kontrowersje dotyczą zapisu, który umożliwia organom podatkowym wyrejestrowanie firmy, jeżeli podatnik wystawiał puste faktury lub ich korekty albo jeśli sprzedał lub zakupił towar od nieuczciwego przedsiębiorcy wiedząc lub mając uzasadnione podstawy, aby przypuszczać, że mógł on działać w celu wyłudzenia VAT.

Według specjalistów tak sformułowane przepisy przerzucają odpowiedzialność za sprawdzanie kontrahentów na firmy. W dodatku uczciwe przedsiębiorstwa mogą zostać ukarane za pośredni udział w oszustwie nawet, jeśli były tego nieświadome. Obserwacja dotychczasowych praktyk związanych z działalnością fiskusa wskazuje, że organy podatkowe nie badają, czy podatnik wiedział, że bierze udział w nieuczciwym działaniu. Eksperci są pewni, że po wprowadzeniu nowych regulacji ta praktyka się nie zmieni.

Głosy sprzeciwu budzi także zapis, umożliwiający urzędowi wykreślenie firmy z rejestru nie tylko w sytuacji, gdy podejrzewa ją o bezpośredni udział w oszustwie, ale również – jeśli firma według organu wzięła pośredni udział w procederze.

Tak duże uprawnienia dla organów podatkowych budzą silne obawy. Odbiorą przedsiębiorcom szansę na udowodnienie swojej niewinności czy rozpoczęcia sporu jeszcze przed wyrejestrowaniem ich. Dla dużych przedsiębiorstw może się to wiązać z ogromnymi stratami.

Przepisy regulują także inne sytuacje, kiedy fiskus może wykreślić firmę z rejestru. Chodzi o podatników, którzy zawiesili działalność co najmniej na pół roku, nie składali deklaracji przez pół roku bądź składali deklaracje, ale nie wykazywali w nich sprzedaży ani zakupów.